اکنون بعد از گذشت بیش از ده سال با تلاش و زحمات مجموعه کارگزاران دولتی و کشاورزان، ساختار صنفی در بخش کشاورزی پایه گذاری شده است. این نظام در روند رو به رشدی قراردارد و همگام با تحولات روز تلاش دارد تأثیر و کارکرد خود را در بخش کشاورزی کشور ایفا نماید. در کم و کیف آثار و کارکردهای تشکیل این نهاد فراگیر بخش کشاورزی شواهد، حکایت از بدست آمدن موفقیت هایی در انجام وظایف و مأموریتها بویژه در تعدادی از شهرستانها و استانهای کشور علیرغم وجود مشکلات و موانع متعدد دارد. اگرچه ماهیت و کارکردهای این نظام بسیار فراتر از این اقدمات و فعالیتهاست و انتظارات بسیار بیشتری از آن وجود دارد. 

در آیین نامه مصوب1386 ساختار نظام صنفی کشاورزی متشکل از "نظام صنفی کشاورزی شهرستان"، "نظام صنفی کشاورزی استان"، "هیأت عمومی" و "شورای مرکزی"است. علاوه بر آن یکی از رؤسای هیأت مدیره نظامهای صنفی استانی که منتخب شواری مرکزی آن قرار می گیرد توسط وزیر جهادکشاورزی بعنوان رئیس نظام صنفی کشاورزی کشور منصوب و سکاندار این نظام می شود.

پس از سه سال از اجرای آیین نامه اجرایی نظام صنفی کشاورزی مصوب 1386 و شکل گیری ساختار آن از سطح شهرستان تا سطح ملی، بر اساس ماده 40 آن، اصلاحیه آن توسط سازمان مرکزی تعاون روستایی ایران(دفتر ساماندهی صنوف و تشکلهای مردم نهاد) تدوین و توسط وزیر جهادکشاورزی به دفتر هیئت دولت ارائه شد. آنچه مشخص و روشن است آن است که در اصلاحیه آیین نامه نظام صنفی کشاورزی تا حد امکان سعی شده است در تحول ساختاری پیش بینی شده، نظام صنفی کشاورزی برابری حداکثری را با نظام صنفی خدمات و بازرگانی داشته باشد. اصلاحیه مذکور در فرآیندی شش ساله با برگزاری جلسات متعدد در کارگروهها، کمیته ها و کمیسیونهای هیئت دولت، سرانجام در تاریخ 25/9/97مصوب هیأت وزیران شد. 

تصویب این اصلاحیه رویدادی مهمی برای بخش کشاورزی می باشد و اجرای آن جامعه کشاورزی را با ساختارهای نهادی جدیدی روبرو می سازد. بر اساس این اصلاحیه، نظام صنفی کشاورزی می بایست تغییرات و تحولات ساختاری قابل توجهی را در خود بوجود بیاورد، تغییراتی که اجرای آن در سطح کشور نیاز به مدیریتی قوی و آگاه، مشارکت و همکاری مجموعه نظام صنفی کشاورزی و دستگاههای دولتی و غیردولتی مرتبط با آن دارد. در این ساختار جدید افراد و واحدهای صنفی کشاورزی درهر شهرستان کشور بر اساس دارا بودن حد نصاب تعداد اعضا، در قالب هفت "اتحادیه صنفی کشاورزی"و در هفت زمینه موضوعی شامل: 1)زراعت 2)باغداری و درختکاری مثمر و غیر مثمر 3)دامپروری، دامداری، تولیدات دامی، زنبورعسل و کرم ابریشم 4)طیور و ماکیان 5)آبزی پروری و صیادی (شیلات) 6)جنگل¬داری، جنگل¬کاری،مرتع¬داری، آبخیزداری و بیابان زدایی(منابع طبیعی) 7)خدمات و صنایع تبدیلی بلافصل کشاورزی متشکل می شوند. 

نهاد بعدی که در تحول ساختاری نظام صنفی کشاورزی شکل می گیرد "اتاق اصناف کشاورزی شهرستان" است؛ نهادی مهم که متشکل از اعضای هیأت مدیره اتحادیه های صنفی کشاورزی همان شهرستان می باشد و ضمن نظارت بر کار اتحادیه های صنفی موضوعی و تخصصی می بایست تمامی امورات نظام صنفی کشاورزی شهرستان را مدیریت نماید. در برابر سازی ساختار نظام صنفی کشاورزی با نظام صنفی بخش خدمات و بازرگانی علیرغم تفاوتهای موجود بین این دو بخش اقتصادی، در ساختار جدید نظام صنفی کشاورزی نیز در سطح استان نهادی پیش بینی نشده است اما "اتاق اصناف کشاورزی شهرستان مرکز استان" علاوه بر انجام وظایف شهرستان خود، وظایفی از جمله برقراری هماهنگی بین اتاق های اصناف شهرستانهای استان و برگزاری انتخابات تعیین نماینده یا نمایندگان استان در اتاق اصناف ایران را برعهده دارد. بعد از سطوح شهرستان و استان در سطح ملی از تجمع نمایندگان اتاق اصناف کشاورزی شهرستانها به همراه نمایندگانی از وزاتخانه های جهادکشاورزی، تعاون، کار و رفاه اجتماعی و نیرو "اتاق اصناف کشاورزی ایران" تشکیل می شود. اتاق اصناف کشاورزی ایران نهادی است مهم و تصمیم گیرهای کلان نظام صنفی کشاورزی را برعهده خواهد داشت. پس از تشکیل اتاق اصناف کشاورزی ایران، این اتاق شش نفر از اعضای غیردولتی خود را برای تشکیل "هیأت رئیسه اتاق اصناف کشاورزی ایران" انتخاب می کند این شش نفر بهمراه یک نفر پیشنهادی وزارت جهادکشاورزی که به تأیید هیأت عالی نظارت بر اصناف کشاورزی ایران می رسد، اعضای "هیأت رئیسه اتاق اصناف کشاورزی ایران"را شکل می دهند. نهایتاً ساختار جدید نظام صنفی کشاورزی با انتخاب یکی از اعضای غیردولتی هیأت رئیسه اتاق اصناف کشاورزی و و انتصاب توسط وزیر جهادکشاورزی به عنوان "رئیس اتاق اصناف کشاورزی ایران" تکمیل می شود. این شخص بالاترین مقام اجرایی و اداری نظام صنفی کشاورزی ایران است که با حکم وزیر جهادکشاورزی به این سمت منصوب می شود. این شخص یکی از کشاورزان عضو نظام صنفی کشاورزی است که در فرآیندی انتخابی از سطح شهرستان به این مسئوولیت می رسد.

در کنار ساختار اجرایی مورد اشاره که عمدتاً غیردولتی می باشد ساختاری نظارتی نیز در نظام صنفی کشاورزی در نظر گرفته شده است که در سطوح ملی و شهرستان تشکیل می شود. این ساختار در سطح ملی تحت عنوان "هیأت عالی نظارت بر اصناف کشاورزی ایران" با عضویت وزیر جهاد کشاورزی(رئیس)، وزیر کشور، وزیر دادگستری، وزیر صنعت، معدن و تجارت، وزیر تعاون، وزیر کار و رفاه اجتماعی، وزیر نیرو، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، سایر وزرا حسب دستور جلسه، هیئت رئیسه اتاق اصناف کشاورزی ایران، رئیس اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی ایران و رئیس اتاق اصناف ایران تشکیل می شود. همچنین در سطح شهرستانها این ساختار تحت عنوان "کمیسیون نظارت بر اصناف کشاورزی شهرستان" با عضویت مقامات شهرستانی و در شهرستان مرکز استان با عضویت مقامات استانی دستگاههای عضو هیأت عالی نظارت بر اصناف کشاورزی ایران شکل می گیرد. نهادهای نظارتی مورد اشاره ترکیبی از اعضای دولتی و غیردولتی دارند و نقش مهمی را در نظارت و تنظیم کارکرد مناسب ساختار اجرایی نظام صنفی کشاورزی دارند و قوت و تأثیرگذاری آنها نیز منوط به همکاری همه جانبه دستگاههای عضو آنها در سطوح ملی، استانی و شهرستانی می باشد. این نکته مهم قابل توجه است حضور بالاترین مقامات ملی، استانی و شهرستانی در ترکیب هیأت عالی نظارت و کمیسیون های نظارت شهرستانها، اعتبار و استحکام قابل توجهی به ساختار اجرایی نظام صنفی کشاورزی می بخشد و این فرصتی است برای نظام صنفی کشاورزی که در عرصه وظایف و نقشهایی که بر عهده آن گذاشته شده است توانمندانه ورود و ایفای نقش نماید. 

پیش ارزیابی کلی شکل گیری ساختار جدید نظام صنفی کشاورزی در سطوح اجرایی نشان می دهد مجریان دولتی و غیردولتی در مجموع نسبت به تحول ساختاری مورد اشاره دیدگاه خوشبینانه ای دارند. موفقیت موضوع زمانی قابل تضمین است که به آگاهی رسانی و افزایش اطلاعات کارگزاران و اعضای هیأت مدیره نظامهای صنفی کشاورزی در اجرایی سازی این ساختار توجه ویژه شود. 

تحولات ساختاری مورد اشاره زمانی می تواند کارایی و تأثیر مناسبی بر ایفای وظایف و نقش های نظام صنفی داشته باشد که محتوا و کارکرد این نظام نیز دچار تحول شود، بنا به اذعان بسیاری از صاحبنظران، دست اندرکاران دولتی و غیردولتی، کارشناسان و همچنین با توجه به ماهیت وظایف و کارکردهای تعریف شده نظام صنفی کشاورزی، این نظام یکی از نهادهای مهم در بیان"صدای بخش کشاورزی و کشاورزان" است. بدیهی است انتظار از صدای مورد نظر می بایست دربردارنده حداقل سه وجه پاسخگویی(پاسخگو بودن نسبت به انجام مسئولیتها، وظایف و عملکردها)، مطالبه گری(شناسایی و اعلام وظایف و مسئولیتهای دیگران نسبت به خود، طرح حقوق قانونی و بیان نیازها و خواسته ها) و نقادی(کشف، درک و دریافت عملکردها، رخدادها، برون دادها و ارائه قوت ها و ضعف ها) باشد. در این حالت صدای منعکس شده می تواند صدایی درست و تأثیرگذار باشد.